Innan själva operationen sövs patienten ner av en professionell narkosläkare. Gastric Bypassoperationen utförs sedan med hjälp av titthålskirurgi, så kallad laparoskopi. Det innebär att ett laparoskop förs in genom ett mindre hål i buken. En liten kamera placeras sedan i buken via laparoskopet så att kirurgerna tydligt ser vad de gör utan att behöva göra ett stort operationssnitt. Buken fylls även med gas för att underlätta operationen och operationsinstrumenten förs sedan in genom andra små hål i buken.

Kirurgen gör sedan ett snitt i långt upp på magsäcken strax under matstrupen. Tunntarmen som är kopplad till magsäckens nedre del skärs också av och kopplas sedan direkt till den ytterst lilla del av magsäcken som återstår. Här sys tunntarmen fast. Magsäcken i övrigt är nu bortkopplad från matsmältningsprocessen. När det är klart plockas instrumenten och kameran ut ur kroppen och de små snitten i buken sys ihop.  Bypassoperationen tar normalt 1 – 2 timmar att utföra.

Det finns patienter som av anatomiska skäl inte kan opereras med titthållskirurgi. Eftersom det görs noggranna undersökningar innan operationstillfället upptäcker läkaren det här i god tid. Självklart kan en Gastric Bypassoperation ändå genomföras. Kirurgen lägger då ett vanligt operationssnitt mellan naveln och bröstbenet. Sedan utförs själva Gastric Bypassoperationen på samma sätt som med titthålskirurgi.